USBポートへの依存性？

Ubuntu Linux 8.04LTS上で何とか動いているbfin-gdbproxyですが、一つ気にかかっていることがあります。FT2232デバイスをAMDチップセットのUSBポートに挿すと動作しません。VIA製のUSBチップのポートに挿すと動作します。別PCで試しましたが、Intel 945チップセットのUSBポートでも駄目です。
こんな馬鹿な話があるか、というのが正直な感想(w
似たような文句を言っている人は見あたらないので、ひょっとして電気的問題かとも思っています。今度セルフ・パワードハブを買ってきて試してみます。